La cripta, a cui si accede attraverso una scalinata di collegamento tra il Monastero e la chiesa di Madonna delle Virtù, presenta un’impostazione orientale con le tipiche scansioni della liturgia bizantina: aula dei fedeli a navata unica, iconostasi che delimita la parte riservata al clero e corpo a due navate terminante con due absidi presbiteriali. Ancora visibile risulta l’ambone ricavato dalla roccia confinante con la parte sinistra di quello che resta della chiesa. Nel settecento, infatti, la volta della chiesa è crollata corrompendo irrimediabilmente l’assetto originario della struttura.
Degne di nota, inoltre, sono le tombe di tipo barbarico che si aprono lungo il pavimento della navata destra e sul pianoro sovrastante che testimoniano l’uso cimiteriale dell’area in età medievale. L’area occupata dalla chiesa di San Nicola dei Greci è di notevole importanza anche per i reperti archeologici che ivi sono stati rinvenuti. Questi ultimi sono testimonianza fondamentale per la lettura dell’abitato indigeno, dell’età del ferro e dell’epoca arcaica e insieme ad altri ritrovamenti nella zona circostante, confermano che la zona della Civita è sempre stata frequentata, senza soluzioni di continuità.
La cripta acquista valenza soprattutto per la sopravvivenza di importanti affreschi che, nonostante l’ingiuria del tempo e le continue erosioni delle pareti rocciose, permangono a testimoniare la successione, nelle diverse epoche, del gusto e della cultura locale. Collegati alla tradizione bizantina dell’XI-XII secolo, gli affreschi confermano i caratteri bizantineggianti della cripta. Tra i più importanti e meglio conservati ricordiamo il “trittico” affrescato di Santi Nicola, Barbara e Pantaleone che campeggia nel catino absidale di sinistra, datato al XIII secolo e la Crocifissione con la Vergine e san Giovanni Evangelista, del XIV secolo.

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